คิจิม่า ไนโตะ เด็กที่มีพลังเซเคร็ดเซเว่นสถิตอยู่ในตัว และถูกส่งมายังสถานทดลองเคนมิ ซึ่งเป็นสถานที่วิจัยเกี่ยวกับพลังของเซเคร็ดเซเว่น ภายใต้การดูแลของเคนมิ ยูจิ ซึ่งที่นี่ก็มีเหล่าเด็กๆ ที่มีพลังเซเคร็ดเซเว่นอยู่เป็นจำนวนมาก และที่นั่น เขาได้พบกับเฟย์ และ ฮองยู สองพี่น้องเป็นครั้งแรก จนกระทั่ง ฮองยูกลายเป็นมนุษย์ดาร์กสโตนจากการทดลอง ไนโตะถูกกระตุ้นพลังเซเคร็ดเซเว่นให้ตื่นขึ้น ในที่สุดเขาจึงหลบหนีจากสถานทดลองไปพร้อมกับเฟย์ และได้พบกับผู้มีพลังเซเคร็ดอีกคนหนึ่ง ทันโดจิ อารุมะ และเป็นจุดเริ่มต้นของเรื่องราวทั้งหมด ความลับของเซเคร็ดเซเว่นคืออะไร? ความต้องการของเคนมิคืออะไร? รวมถึงเบื้องหลังอันโหดร้ายและโศกนาฏกรรมที่เกิดขึ้นในสถานทดลอง กำลังจะถูกเปิดเผยแล้ว