สามปีให้หลังจากที่ชาร์ อัสนาเบิลได้หายสาปสูญไปพร้อมกับอามุโร่ Vist Foundation องค์การรายหนึ่ง ได้ครอบครองกล่องของ ลาพลาส มาโดยบังเอิญ แต่ผู้นำของ Vist Foundation รุ่นที่สอง กลับจะต้องการส่งกล่องของลาพลาสให้กับพวกนีโอซีออน Mobile Suit Gundam Unicorn โมบิลสูท กันดั้ม ยูนิคอร์น โดยได้เชิญทั้งฝ่ายสหพันธ์ และนีโอซีออนมาร่วมการประชุมเพื่อมอบกล่องลาพลาส แต่เจ้าหญิงแห่งเนโอซีออน มิเนอร์ว่า ซาบี้ (Mineva Lao Zabi) ซึ่งได้ใช้ชื่อปลอมว่า เออเดรย์ เบิร์น (Audrey Burne) และแอบติดมากับกองยาน ได้พยายามที่จะบอกให้ Vist Foundation ให้หยุดการกระทำ มันอาจจะนำมาซึ่งสงครามครั้งใหญ่ แต่สถาณการณ์กลับแย่ลง เมื่อกองทัพสหพันธ์ได้บุกโจมตี เพื่อที่จะชิง กล่องของลาพลาสมาไว้ ในขณะนั้นเอง บาร์นาช ลิงก์ (Banagher Links) ได้บังเอิญช่วย เออเดรย์ไว้ โชคชะตาชิขิตให้เขาต้องมาพัวพันกับสงครามเนโอซีออน ครั้งที่สาม และการกลับมาของ ฟูล ฟรอนทัล (Full Frontal) ผู้ที่ได้รับการขนานนามว่า การกลับมาของชาร์ ทำสงครามครั้งสุดท้ายกับสหพันธ์โลก…