หลังที่ทุกคนได้กลายเป็นหิน กาลเวลาได้ล่วงเลยไปกว่า 3,000 ปี ร่างกายมนุษย์ก็เริ่มกลับสู่สภาพปกติอีกครั้ง แต่อารยธรรมอันรุ่งเรืองที่เคยมีมากลับสูญสลายไปหมดแล้ว ซึ่ง เซ็นคุ เด็กหนุ่มผู้มีมันสมองอันปราดเปรื่อง ก็จะใช้ความรู้ทั้งหมดที่มีนำอารยธรรมให้กลับมาอีกครั้ง ในตอนพิเศษ เซ็นคุ ก็จะเตรียมสร้างเรือ เพื่อใช้เดินทางค้นหาต้นตอของปรากฏการที่ทำให้มนุษย์กลายเป็นหิน และเขาก็จะไปเชื้อเชิญให้ ริวซุย ที่เชี่ยวชาญด้านการเดินเรือมาเป็นกัปตัน แต่ ริวซุย ก็มีเงื่อนไขในการมาเป็นพวกนั่นคือ เซ็นคุ ต้องนำน้ำมันมาให้เขาก่อน

แหล่งที่มา Dr. Stone: Ryusui