เรื่องเกิดขึ้นที่ เมืองหลวง Tokyo ของญี่ปุ่นที่จู่ๆ ก็เกิดเหตุการณ์ที่มีชื่อว่า Tokyo Jupiter ซึ่งเกิดมิติขึ้นห่อหุ้ม Tokyo มีลักษณะคล้ายๆ โดม ที่มีรูปร่างเหมือนดาวพฤหัส ซึ่งทำให้เวลาภายในโดมนั้นหยุดนิ่งอยู่กับที่ แตกต่างกับโลกภายนอกซึ่งเวลาผ่านไปหลาย 10 ปีแล้ว ซึ่งโดมนั้นได้ถูกเปิดเผยภายหลังว่าถูกสร้างขึ้นมาโดย ชนเผ่าที่เรียกว่า "มู" (นึกอะไรไม่ออกให้นึกถึง Raideen) พระเอก Kamina Ayato เด็กหนุ่มอายุ 17 ผู้ซึ่งอาศัยอยู่ในโตเกียวที่เวลาหยุดนิ่ง ขณะเขากำลังเดินทางไปเที่ยวกับเพื่อน จู่ก็มีการโจมตีทางอากาศขึ้นโดยยานบินลึกลับทำให้รถไฟใต้ดินที่เขาโดยสารเกิดตกรางขึ้น เขาซึ่งไม่ได้รับบาดเจ็บอันใดจึงได้ออกมาตามหาคนช่วยเหลือ ซึ่งที่นั่นเองเขาได้พบกับเด็กสาวลึกลับคนนึง ชื่อว่า Mishima Reika ผู้ซึ่งเหมือนกับผู้หญิงในภาพวาดของเขา ผู้ซึ่งนำเขาได้ไปพบกับสถานที่ที่เป็นที่สถิตของไข่ขนาดยักษ์ อายาโตะ กับ ไข่ใบนั้นได้ทำการตอบสนองกันและกัน และทำให้เกิดหุ่นยนต์ที่มีพลังสามารถเปลี่ยนแปลงโลกได้ที่มีชื่อว่า Rahxephon