ประเทศที่มีความขัดแย้งตอนนี้ใช้หน่วยปฏิบัติการลับแทนขีปนาวุธ ลิลลี่ได้รับคัดเลือกให้เข้ารับการฝึกสายลับ Spy Classroom แต่ทักษะการปฏิบัติของเธอนั้นสุดยอดมาก เธอกระโจนคว้าโอกาสเข้าร่วมทีม “โทโมชิบิ” ลึกลับด้วยความสิ้นหวังที่จะผ่านไป ห้องเรียนจารชน น่าเสียดายที่ทีมเต็มไปด้วยสายลับที่สิ้นหวังมากขึ้น พวกเขาต้องร่วมกันพิชิตภารกิจที่เป็นไปไม่ได้และเอาชนะผู้สอนอัจฉริยะให้ได้ แต่จุดประสงค์ที่แท้จริงเบื้องหลังห้องเรียนของพวกเขานั้นบาดใจเกินกว่าที่พวกเขาจะจินตนาการได้